Tổng cục Thuế đã xây dựng chức năng trên ứng dụng hóa đơn điện tử đáp ứng yêu cầu kiểm soát hóa đơn điện tử, ngăn chặn tình trạng xuất hóa đơn khống. Một số chức năng chính như sau:
+ Hệ thống tự động kiểm soát tổng giá trị hàng hóa bán ra trên các hóa đơn đã xuất so với ngưỡng giá trị hàng hóa đầu vào được tính toán bằng K lần tổng giá trị hàng tồn kho và tổng giá trị trị hàng hóa mua vào.
+ Hệ thống cảnh báo thực hiện theo tham số K.
Trên cơ sở đó, các trường hợp người nộp thuế vượt ngưỡng sẽ cảnh báo và đưa vào danh sách quản lý. Sử dụng chức năng tra cứu danh sách người nộp thuế cảnh báo để xem xét, xác định các trường hợp thuộc diện ngừng sử dụng hóa đơn theo quy định.